Met uitzondering van de "Automatische controle" parameter, wordt HPFS386 niet geconfigureerd op de &cfgsys; opdrachtregel. In plaats daarvan gebruikt HPFS386 een apart tekstbestand met de naam HPFS386.INI, dat normaliter te vinden is in de \IBM386FS directory op uw opstart station. De locatie van dat bestand is opgegeven in de &cfgsys; regel.

HPFS386.INI bevat te veel parameters om hier te tonen. In plaats daarvan voegt de configuratie dialoog een Werkplek object toe voor het HPFS386.INI bestand in de dialoog, wat precies net zo werkt als elk ander Werkplek object. Dat wil zeggen dat u het een rechtermuisklik kunt geven en het "Open" menu kunt gebruiken om het te starten met een applicatie, of u kunt het pictogram verslepen naar uw favoriete editor. Nadat u de wijzigingen in uw editor heeft opgeslagen, zullen de instellingen van kracht zijn bij de volgende herstart.

HPFS386.INI bevat erg veel commentaar die de verschillende instellingen verklaren.