Undantaget "autocheck" parametern, „r HPFS386 inte konfigurerat p† &cfgsys; kommandorad. Ist„llet, anv„nder HPFS386 en separat textfil kallad HPFS386.INI, vilken normalt finns i \IBM386FS katalogen p† din bootenhet. Placering hos filen „r ist„llet specificerad med en &cfgsys; rad.

HPFS386.INI inneh†ller f”r m†nga parametrar f”r att visas h„r. Ist„llet, infogar konfigurationsdialogen ett Skrivbordsobjekt f”r HPFS386.INI filen i dialogen, vilken fungerar som vilket som helst annat Skrivbordsobjekt. Det betyder, att du kan h”ger-klicka p† ikonen och anv„nda menyn "™ppna" f”r att f† den ”ppnad med n†gon applikation, eller s† kan du dra ikonen till din favoriteditor. N„r du v„l har sparat „ndringarna i din editor, kommer inst„llningarna att bli aktiva vid n„sta ombootning.

HPFS386.INI inneh†ller en hel del kommentarer vilka f”rklarar de olika inst„llningarna.